Kampus ini ditadbir oleh seorang Pengarah Kampus yang diperturunkan kuasa oleh Naib Canselor USM. Pengarah Kampus sebagai pentadbir bertanggungjawab menyelaras pentadbiran dan pembangunan kampus ini secara keseluruhannya. Beliau juga memastikan pentadbiran akademik dan koordinasi antara semua komponen jabatan yang terdapat di kampus ini berjalan lancar.

Bagi melicinkan proses pengurusan dan pentadbiran di peringkat kampus cawangan, semua jabatan sokongan yang terdapat di kampus induk mewujudkan cawangan jabatannya di sini. Dalam hal operasi harian cawangan jabatan cawangan jabatan, Jabatan cawangan ini bertanggungjawab kepada Pengarah kampus manakala dari segi dasar mereka merujuk kepada jabatan induk. Antara cawangan jabatan yang diwujudkan sejak permulaan kampus ini ialah Cawangan Jabatan Pendaftar, Cawangan Jabatan Bendahari, Cawangan Jabatan Pembangunan dan Cawangan Jabatan Keselamatan. Tidak ketinggalan terdapat Perpustakaan Perubatan, Pusat Pengetahuan, Komunikasi & Teknologi, Cawangan Unit Bahasa dan Bahagian Hal Ehwal Pelajar.

Pengarah Kampus : Prof. Dato' Dr. Mafauzy Mohamed

Pejabat Pengarah Kampus ( Pentadbiran )

Penolong Pendaftar Kanan : Pn. Nor Zarinah Ismail

Pusat Transformasi Insan

Ketua Penolong Pendaftar : En. Mohd Saberi Mohd Yusoff

Unit Perhubungan Awam

Penolong Pendaftar : En. Mohd Rodin Che Yusoff

Unit Kemudahan Akademik dan Sokongan Teknikal (UKAST)

Penyelaras : Dr. Mohd Salzihan Mohd Salleh

Pereka B41 : Pn. Faridah Zakiria

Pusat Islam
Timbalan Pengarah : Dr. Wan Nudri Wan Daud

Pegawai Hal Ehwal Islam Kanan : Ust. Amira Abdul Sattar @ Ismail

Pusat Pengajian Sains Perubatan

Dekan	:	Prof. Dr. Ahmad Sukari Halim
Timbalan	:	Prof. Madya Dr. Abdul Razak Sulaiman (Pengajian Siswazah dan Latihan Ikhtisas)
		Prof. Dr. Rosline Hassan (Penyelidikan)
		Prof. Dr. Saiful Bahari Ismail  (Akademik) Prof. Dr. Dinsuhaimi Sidek (Hal Ehwal Pelajar & Jaringan) Prof. Dr. Kamarudin Jaalam (KLE USM International MD Program

 Pusat Pengajian Sains Pergigian

Dekan	:	Prof. Madya Dr. Adam Husein
Timbalan	:	Prof. Madya Dr. Zainul Ahmad Rajion (Penyelidikan)
		Dr. Mohd Fadhli Khamis (Akademik) Prof. Madya. Dr. Azizah Yusoff (Hal Ehwal Pelajar & Jaringan)

 Pusat Pengajian Sains Kesihatan

Dekan	:	Prof. Dr. Ahmad Zakaria
Timbalan	:	Prof. Madya Dr. Pim Chau Dam  (Akademik & Pembangunan Pelajar)
		Prof. Madya Dr. Wan Rosli Wan Ishak @ Wan Ahmad  (Penyelidikan) Prof. Madya Dr. Shaharum Shamsuddin  (Hal Ehwal Pelajar & Jaringan)

Institut Penyelidikan Perubatan Molekul

Pengarah        :     Profesor Dr. Norazmi Mohd Nor

Timbalan         :     Prof. Madya Dr. Tan Soo Choon

Pusat Inisiatif Penyelidikan Sains Klinikal Dan Kesihatan (CRI-CHS)

Pengarah  :   Prof. Dr. Nik Soriani Yaacob

Hospital Universiti Sains Malaysia

Pengarah	:	Dato’ Dr. Zaidun Kamari
Timbalan Pengarah Kanan	:	En Wan Suyuti Wan Ismail (Pengurusan)
		Dr. Nik Min Ahmad (Klinikal)
		Tn. Hj. Zainol Abidin Hamid (Farmasi)

Pusat Penyelidikan Dan Perkhidmatan Haiwan

Pengarah :  Dr. Saidi Jaafar

Jabatan Pendaftar

Timbalan Pendaftar : Tn. Hj. Yusoff Abdullah

Bahagian Hal Ehwal Dan Pembangunan Pelajar

Ketua Penolong Pendaftar : En. Hafiz Assad Zakaria

Jabatan Pembangunan

Timbalan Pengarah : Ir. Hj. Norazman Hj. Mahamood

Jabatan Keselamatan

Timbalan Pengarah : En. Mohd. Fakri Yusof

Perpustakaan

Timbalan Ketua Pustakawan: YM Engku Razifah Engku Chik

Jabatan Bendahari

Timbalan Bendahari : Tn Hj Syed Ahmad Kamil Syed Zakaria

Pusat Pengetahuan, Komunikasi dan Teknologi

Timbalan Pengarah : En. Hamdan Ismail

Desasiswa Murni

Penggawa :En. Hafiz Assad Zakarial

Desasiswa Nurani

Penggawa : Tn. Hj. Yusoff Abdullah